U盘制作了系统安装盘后后是可以存放其它文件的，在安装系统时没有影响。
如果您的U盘里的系统文件是正常的，那么它们应该还在。但是，如果您在使用U盘时遇到了一些问题，例如U盘损坏、病毒感染、误删除等，可能会导致系统文件丢失或损坏。
如果您想确认U盘里的系统文件是否还在，可以尝试以下步骤：
插入U盘并打开“我的电脑”或“计算机”。
右键点击U盘图标，选择“属性”。
在“属性”对话框中，选择“工具”选项卡，点击“检查”按钮。
系统会自动检查U盘上的文件系统并修复错误。如果有任何系统文件丢失或损坏，系统会尝试恢复它们。
如果以上步骤无法解决问题，您可以尝试使用数据恢复软件来恢复丢失的系统文件。但是需要注意的是，如果您不确定如何操作或者不熟悉数据恢复软件的使用，最好先备份U盘中的重要数据，以免造成更大的损失。
